遺傳學中，基因重組（英語：genetic recombination/reshuffling）亦稱遗传重組，是指DNA片段斷裂並且轉移位置的过程，会导致基因间或基因内新的连锁关系形成。对于真核生物，减数分裂過程中的基因重組能夠形成一套新的遺傳信息，並從親本遺傳給子代。多数基因重组是自然发生的，可以分为两种类型：(1)染色体间重组，通过位点在不同染色体上的等位基因的自由组合发生（减数分裂I中同源染色體的非姐妹染色单体上的基因自由组合）；(2)染色体内重组，通过交换发生。[1]
减数分裂重组模型，由双链断裂或缺口开始，然后与同源染色体配对、链侵入，开始重组修复过程。间隙的修复可能导致侧翼区域的交叉（CO）或非交叉（NCO）。CO的重组被认为是通过双霍利迪结（DHJ）模型发生的，如上图右边所示。NCO重组被认为主要是通过合成依赖链退火（SDSA）模型发生的，如上图左所示。大多数重组事件似乎是SDSA类型。
在真核生物减数分裂过程中，遗传重组时同源染色體会配对。随后可能会发生染色体间的遗传信息传递。信息传递可以不需要物理交换（遗传物质的一部分从一条染色体复制到另一条染色体，而来源的染色体并未改变，见图中SDSA路径），也可以通过DNA链断裂并重新连接，形成新的DNA分子（见图中DHJ路径）。
重组也可能在真核生物有絲分裂时发生，它通常涉及染色体复制后形成的两个姐妹染色体。在这种情况下，由于姐妹染色体通常是相同的，所以不会产生新的等位基因组合。在减数分裂和有丝分裂中，DNA的相似分子（同源序列）之间发生重组。减数分裂过程中，非姐妹同源染色体相互配对，使非姐妹同源染色体之间发生典型的重组。在减数分裂和有丝分裂细胞中，同源染色体之间的重组是DNA修復中常见的机制。无性生殖的细菌和古菌也会发生基因重组和重组DNA修復。
對原核生物（例如細菌）來說，個體之間可以通過交接，或是經由病毒（例如噬菌體）的傳送，來交換彼此的基因，並且利用基因重組，將這些基因組合到本身原有的遺傳物質中。
對於較複雜的生物來說，重組通常是因為同源染色體配對時發生互換，使得同源染色體上的基因在遺傳到子代時，經常有不完全的連鎖。由於重組現象的存在，科學家可以利用重組率來定出基因之間的相對位置，描繪出基因圖譜。
使同源序列相同的基因轉換过程也属于基因重组。
重组可以在实验室（体外）环境中人工诱导发生，产生重組DNA，用于疫苗开发等目的。
目录
1 聯會
2 机制
3 染色體互換
4 基因轉換
5 非同源重组
6 B细胞
7 基因工程
8 重组修复
9 减数分裂重组
10 RNA病毒重组
11 重组在生命起源中的作用
12 參見
13 參考文獻
14 外部連結